En los últimos años se han aislado más de 10,000 organismos endófitos de plantas herbáceas y árboles, algunos de los cuales se encuentran bajo estudio (figura 2) para ser usados en la agricultura con el objetivo de: mejorar el rendimiento de la producción de las plantas (para promoción de su crecimiento), protegerlas contra enfermedades, y cultivarlas en suelos contaminados por compuestos xenobióticos –aquellos cuya estructura química es poco frecuente en la naturaleza– (con fines de fitorremediación).

Reportes científicos mencionan que la presencia de algunas bacterias endófitas en la raíz de plantas como la caña de azúcar y el arroz,^2,3,4 entre otras, promueven el crecimiento por participar en la asimilación y solubilización de nutrientes (incluidos nitrógeno y fósforo), y también por producir reguladores de crecimiento de las plantas (auxinas, citocininas y etileno). Por otra parte, el hecho de que organismos endófitos colonicen nichos ecológicos similares a los buscados por los microorganismos fitopatógenos los convierte en potenciales agentes de control biológico, pues la inhibición del desarrollo de enfermedades ocurre a través de la activación de mecanismos de defensa intrínsecos de la planta (resistencia inducible sistémica) promovidos por la presencia del endófito, así como por la producción de una variedad de sustancias químicas que controlan al patógeno
(figura 3), incrementando con esto la protección y la capacidad de sobrevivencia de la planta. Es claro que el grado de predominancia de estos mecanismos tiene consecuencias para la ecología evolutiva de las relaciones huésped-endófito-patógeno.

Es importante destacar que algunos endófitos resultan ser benéficos para una especie de planta, en tanto que para otra, pueden ser patógenos. Por otro lado, las plantas con capacidad de crecer en suelos contaminados con compuestos nitroaromáticos y sedimentos de petróleo, contienen, en forma natural, microorganismos endófitos con los genes necesarios para la degradación de los agentes tóxicos, por lo que su presencia se vuelve estratégica para la fitorremediación.⁵