El término microorganismo endófito se refiere a bacterias y hongos que colonizan los tejidos internos (raíz, hojas y tallos) de las plantas sin causarles enfermedades aparentes, además de beneficiarlas al reforzar su tolerancia a condiciones adversas para su desarrollo. Recientemente, este tipo de microorganismos ha atraído la atención de los científicos en busca de estrategias biotecnológicas para la agricultura, que permitan disminuir el uso de pesticidas en las plantaciones comerciales y, con ello, lograr un mayor rendimiento en la producción.

Ante la incapacidad de locomoción, las plantas dependen de una fisiología compleja para evadir o mitigar los daños que les puedan provocar la muerte, como los ocasionados por agentes fitopatógenos, factores ambientales y los organismos herbívoros. A pesar de la extensiva investigación científica sobre el fenómeno de respuesta al estrés en las plantas, aún desconocemos por qué son pocas las especies con habilidad para colonizar hábitats agresivos y, más aún, raras veces se toma en cuenta un aspecto general de la biología de las plantas: la simbiosis con los microorganismos endófitos; pues resulta que las 300,000 especies de plantas existentes en la Tierra hospedan a uno o más endófitos.

De acuerdo con sus estrategias de vida, los microorganismos endófitos se han clasificado como obligados o facultativos. Los primeros dependen estrictamente de la actividad de la planta para su sobrevivencia y crecimiento. A su vez, los endófitos facultativos son aquellos que en una etapa de su ciclo de vida pueden existir fuera de la planta hospedante, principalmente en el suelo, para luego ingresar en la planta por las grietas existentes en las uniones de las raíces laterales. Otra vía de entrada al tejido vegetal es a través de los estomas (sitios de intercambio gaseoso) presentes en grandes cantidades en las hojas (figura 1).