A pesar de la intensa explotación de sus bosques y la transformación de sus ecosistemas, el Cofre aún mantiene relictos de vegetación de encinos, ailes, pinos, oyameles y zacatonal de alta montaña. No es difícil ver nevada la montaña en los inviernos húmedos como ocurrió en 2009 – 2010.

La octava montaña más elevada de México, cuyo nombre proviene del náhuatl y significa "la de los cuatro lados", es la segunda con mayor altitud del estado de Veracruz, la cual, junto con su vecino el Citlaltépetl, conforma una gran barrera orográfica en los límites con Puebla. Además de su importancia por los fuertes desniveles que presenta, es una región hidrológica prioritaria, porque de ella nacen innumerables ríos y arroyos que irrigan la planicie costera veracruzana. Es un corredor biológico de flora y fauna en donde habitan muchas especies, varias de ellas de distribución restringida hacia el oriente o el centro de México.

El Cofre es un volcán con miles de años de antigüedad y posee dos vertientes de aspectos contrastantes. El flanco oriental es más húmedo y permite el desarrollo del bosque mesófilo de montaña, ecosistema en peligro de extinción, en donde las nieblas son frecuentes, mientras que, del lado oeste de la montaña, la precipitación es menor y con vegetación árida de yucas y cactáceas, así como agaves, al pie de la misma, en la región de Perote.

Pero la desmedida explotación de sus bosques –principalmente, de la vertiente este–, la ampliación de la agricultura y el desarrollo de zonas habitadas por humanos, están poniendo en riesgo la permanencia de la vegetación silvestre. De hecho, esta montaña es una de las que presenta la mayor tasa de desforestación de bosques y selvas en México. Este es un llamado de alerta ante el inminente riesgo de que, ante las tendencias actuales, este volcán pierda la totalidad de sus ecosistemas naturales y, con ello, especies autóctonas de nuestro país.