Esta gran diversidad de organismos primitivos se ha esquematizado como la ramificación de tres dominios a partir de una raíz común en un árbol universal de la vida (figura 2). Sin embargo, en estudios recientes se ha incorporado la idea del intercambio de genes entre especies distintas, conocido como transferencia horizontal, y por ello se habla ahora de que la raíz de este árbol es algo más parecido a un círculo que a un punto nodal originario.

Con el análisis de algunos genomas secuenciados completamente, los cuales representan organismos de cada uno de los tres dominios, es posible hacer una aproximación para inferir la evolución temprana de la vida en la Tierra. Este nuevo método de reconstrucción filogenética condicionada está basado en la presencia/ausencia de genes informacionales y genes operacionales.

El algoritmo se basa en fundamentos teóricos a partir de los cuales se infiere la transferencia horizontal entre los genomas de células procariontes, para dar origen al genoma de las células eucariontes. Este nuevo enfoque cladístico⁶ permite evidenciar que el genoma de los eucariontes evolucionó mediante la fusión de dos diferentes genomas procariontes: los genes operacionales (por ejemplo, aquellos implicados en las funciones metabólicas celulares más básicas como la biosíntesis de aminoácidos) a partir de un ancestro bacteriano y los genes informacionales (aquellos encargados de las funciones de transcripción y traducción del material genético) a partir de un ancestro arqueobacteriano.