Debido a su universalidad, la MMC tiene la capacidad de beneficiar a todas las disciplinas científicas, y la experimentación es fundamental en, al menos, las siguientes operaciones de la investigación:

1. La prueba de teorías e hipótesis.
2. El análisis de las implicaciones de los nuevos hechos científicos; en él, la MMC, al predecir en forma más económica y con menor esfuerzo el comportamiento de los sistemas, sustituye, en muchos casos, la experimentación. Cuando esto no es posible, la MMC se asocia con la investigación experimental y es pieza fundamental para el siguiente operación.
3. El diseño e interpretación de los experimentos.

Además, debe destacarse que hay casos de gran importancia científica en que la MMC va más allá que el método experimental, pues hay sistemas tales como las galaxias o las estrellas que no es posible reproducir en el laboratorio; en cambio, pueden ser modeladas computacionalmente. Por eso la ciencia, la cual tradicionalmente se ha asentado en dos columnas torales
–la teoría y la experimentación–, hoy se asienta en tres: la teoría, la experimentación y la MMC.