Las aflatoxinas son resistentes a la inactivación térmica; no se destruyen por la ebullición, ni por procedimiento alguno que involucre altas temperaturas, como sucede con los microorganismos que son nulificados mediante el proceso de cocción de los alimentos. Las aflatoxinas del tipo B son más resistentes a la degradación térmica que las aflatoxinas del tipo G, puesto que resisten temperaturas promedio de 280 y 240 °C, respectivamente.

Si el nivel inicial de contaminación con aflatoxinas en el grano de maíz es alto, como frecuentemente sucede, el proceso de la nixtamalización, dependiendo de la magnitud de la contaminación inicial en el grano, no siempre asegurará una tortilla dentro del límite permitido de aflatoxinas (20 microgramos/kg). Tal parece que la nixtamalización modifica las aflatoxinas de tal manera que éstas no pueden ser detectadas mediante fluorescencia; no obstante, la pérdida de fluorescencia no necesariamente significa pérdida de toxicidad.

El proceso de nixtamalización puede, en cierto grado, reducir el nivel de aflatoxinas, pero también puede presentarse una reconstrucción de las estructuras moleculares de la aflatoxina durante el procedimiento de acidificación en el estómago, de tal manera, el proceso no necesariamente generará una tortilla segura (cuadro 3).