En resumen, el proceso para secuenciar el CO1 ocurre a partir de la técnica denominada reacción en cadena de la polimerasa (PCR por sus siglas en inglés), la cual consiste en amplificar miles de veces el fragmento de ADN de interés.

Ya realizado el PCR, se revisa el producto de ADN obtenido por medio de la aplicación de un campo eléctrico en geles de agarosa. Debido a que el ADN en un pH mayor a 5 está cargado negativamente, tiende a moverse hacia el polo positivo, formando un patrón de bandas característico en estos geles. Las bandas nos indican el éxito en la obtención del producto y se procede a su secuenciación. Posteriormente un programa informático ordena (alinea) estas cadenas, lo cual permite saber la posición de cada nucleótido en el fragmento del gen por estudiar (figura 2). Asimismo las tecnologías informáticas actuales nos permiten comparar miles de códigos de barras entre sí en un momento.

Aunque la técnica en sí es relativamente compleja, lo cierto es que actualmente existen laboratorios que pueden realizar la secuencia de hasta dos mil especímenes en un plazo de una o dos semanas, a un costo aproximado de 10 dólares estadounidenses. Además, ya se tiene en puerta una nueva técnica denominada pirosecuenciación y se piensa que en un plazo menor a cinco años este costo disminuya hasta 2 o 3 dólares y el tiempo para obtener el mismo número de secuencias se reduzca a menos de 72 horas. Un ejemplo de una unidad para el procesamiento masivo de muestras se encuentra en la Universidad de Guelph, Canadá.⁵